In 1794/1795 bezetten legers van het revolutionaire Frankijk de Republiek. Evenals elders werd een revolutionair comité ingesteld. Op 5 februari 1795 trad een nieuw stadsbestuur aan en de volgende dag legde de vroedschap de regering neer. Vrijdag 13 februari werd de Franse vlag op de Dikke Toren uitgestoken en werd er rond de Vrijheidsbomen, die voor het stadhuis en op de Brede Brug waren geplant, vrolijk gedanst. De patriot en kroniekschrijver Johan de Kanter Phil.z. was er enthousiast over: 'Regeerings Leden en hunne Medeburgers; Grijsaards en Jongelingen; Vrouwen en Maagden van allerlei rang en vemogen huppelden juigend om het zinnebeeld der vrijheid…men zag niets dan Broederschap en Blijheid.'. Het nieuwe stadsbestuur, voor een deel bestaand uit leden van de vroegere patriciërsfamilies, werd in veel opzichten uitvoerder van hetgeen door hoger hand werd bepaald. Daartoe behoorde onder andere de afschaffing van de gilden en van allerlei voorrechten van de vroegere regenten. Als uitvloeisel van het gelijkheidsdenken werden de wapenborden uit de Grote Kerk weggenomen en de wapens op de grafstenen weggehakt. In 1798 volgde de scheiding van kerk en staat. Als gevolg daarvan moesten de Gereformeerden de rechten van de andere kerkelijke gemeenten op de Grote en Kleine Kerken afkopen. De Gereformeerden of Hervormden vormden 74% van de bevolking, gevolgd door de Rooms-Katholieken met 20%. De Luthersen, Waals-Gereformeerden, Doopsgezinden en Joden vormden de resterende 6%. De gelijkstelling van de godsdiensten had ook andere gevolgen. Ter wille van de Joodse stadsgenoten werd vanaf 1809 de marktdag in plaats van zaterdags op donderdag gehouden. Hoewel de oorlog met Engeland de handel belemmerde had Zierikzee nog een bescheiden vloot. Er voeren 11 koopvaardijschepen en 7 vissersschepen. Maar het uitvaren werd steeds gevaarlijker. Engelse kruisers waagden zich zelfs bij het Zierikzeese havenhoofd en kaapten in 1804 het beurtschip van Anthonie Ribbens, afkomstig uit Rotterdam. Op vrij grote schaal moeten er goede zaken gedaan zijn met smokkelarij. Toen in 1806 het Continentaal Stelsel soor de Franse keizer werd ingevoerd om Engeland op de knieën te krijgen, werd de handel moeilijker. Maar dat de smokkel bleef doorgaan kwam uit toen in 1810 Franse douaniers huiszoeking deden en heel wat koloniale waren aan het licht brachten. In de nacht van 14 op 15 januari 1808 werd de stad getroffen door een zware stormvloed. Vooral de straten die naar de Nieuwe Haven liepen, werden zwaar beschadigd en velen hadden tenauwernood gelegenheid zich op hun zolders in veiligheid te brengen. Eén man verloor het leven. De schade bedroeg ruim 30.000 gulden. Deze stormvloed was aanleiding tot het plaatsen van vloedplanken bij de straten om het binnendringen van het zeewater te voorkomen. Langs de Oude- en Nieuwe Haven zijn de sleuven nog te zien waarin de vloedplanken werden geplaatst bij extreem hoog water. Van 5 tot 9 mei 1809 bezocht Lodewijk Napoleon, koning van Holland, Schouwen-Duiveland. Met groot vertoon werd de vorst in Zierikzee ontvangen. Door ruime giften mocht hij zich in sympathie van velen verheugen. Enkele weken werd het gerucht verspreid dat de Engelsen Zeeland zouden aanvallen. Hoewel Walcheren het hoofddoel was, werd ook Schouwen-Duiveland bezet. De Engelse soldaten werden ondergebracht in de kazerne aan de Manhuisstraat. Maar in september van dat jaar waren ze alweer vertrokken. De expeditie was op een mislukking uitgelopen en het restant van het Engelse leger keerde weer terug. Het gemak waarmee de Engelsen een deel van Zeeland hadden kunnen veroveren was voor de Franse keizer aanleiding zijn broer heen te zenden en het Koninkrijk Holland in te lijven bij het keizerrijk (1810). Daardoor werden de Franse wetten van kracht. Binnen de kerken mocht niet langer begraven worden. Om die reden werd bij de Noordzelke een nieuwe begraafplaats aangelegd. Vooral de nieuwe onder-prefect, Jean Paul Alban vicomte de Villeneuve-Bargemont, beijverde zich om Zierikzee en omstreken te verfransen. De belangrijkste straten en de poorten kregen Franse namen. Pas geboren kinderen werden in de nieuwe burgerlijke stand ingeschreven als Jean en Pierre in plaats van Johannes en Pieter. Ook de schepen werden voorzien van Franse namen. Dat de Zierikzeeënaren deze maatregel gelaten over zich heen lieten komen, blijkt uit een van die scheepsnamen, 'C’est ainsi et pas autrement' (Het is zo en niet anders). Weinig verheffend was het staaltje van cultuurbarbarisme van de maire van Zierikzee, dokter Nicolaas de Kater. Hij liet een groot deel  van de stedelijke archieven opruimen voor meer ruimte in het stadhuis in verband met de nieuwe rechterlijke colleges die benoemd waren. De bevolking kwam nu rechtstreeks met de oorlogslasten in aanraking. De daarvoor in aanmerking komende jongemannen moesten in het Franse leger of bij de marine dienen. Anderen werden ingedeeld bij de kustwacht. De inkwartiering drukte zwaar op de bevolking. Om de lasten daarvan op te vangen werd een fonds ingesteld. Iedereen moest daaraan bijdragen en met de inkomsten werden de kosten betaald, die verbonden waren aan het huisvesten van militairen. Dit Fonds van Kazernering bestaat nog steeds. Maar nu kan met er een beroep op doen voor sociaal-culturele activiteiten. De stad werd in staat van verdidiging gebracht. Om het aantal te verdedigen doorgangen te beperken werden onder meer de West- en Hoofdpoort onbruikbaar gemaakt. Na Napoleons beslissende nederlaag bij Leipzig begonnen te troepen zich terug te trekken uit Nederland. De Franse bevelhebber, baron Ducos, bleef evenwel met zijn troepen in Zierikzee. Vanzelfsprekend broeide en gistte het. Vooral toen het gerucht verspreid werd dat de Fransen een in de haven liggend oorlogsbrik, die volgestouwd was met buskruit, wilden laten springen. Een aantal Engelse schepen verscheen voor de kust en eiste de stad op. De Fransen werd een veilige aftocht geweigerd. Baron Ducos besloot daarop de stad te verlaten. Voor het stadhuis jubelde een menigte: 'Hoezee! Oranje boven!'. Wat een rustige aftocht moest worden, ontaardde in paniek. De Franse militairen verlieten in wanorde de stad om zo snel mogelijk te ontkomen. Op 8 december 1813, nog in de nacht, werd de stad overgegeven aan de Engelsen, die met 200 man binnenmacheerden. Tot burgemeester werd mr. W.A. de Jonge benoemd, één van degenen, die in 1795 het veld had moeten ruimen.